Die Präfektur des Ober-Rhein-Gebiets
Seit 1791 ist die Départementshauptstadt auch Sitz des konstitutionellen Bistums Haut-Rhin. Colmar bekommt einen Bischof und die Martinskirche wird in den Rang eines Münsters erhoben. Colmars Status als Verwaltungshauptstadt wird definitiv gefestigt, als zehn Jahre später auch noch der erste Präfekt eintrifft. Unterdessen wird das Gebiet des Départements Haut-Rhin, zu dem auch Belfort und Umgebung gehören, immer größer. 1800 wird dem Département Mont Terrible angegeliedert. Bis 1815 werden das ehemalige Fürstentum Porrentruy, das Erguel, der Amtsbezirk Moutier Granval und Bellelay, ein Teil des einstigen Fürstentums Montbéliard, an das Elsass angeschlossen.
Der erste Präfekt heisst Jean-Baptiste Harmand. Er stammt aus dem Moselland und hat in der oberrheinischen Haupstadt kaum Spuren hinterlassen. Schuld daran ist vielleicht auch seine kurze Amtszeit. Der am 2. März 1800 designierte Harmand wird bereits acht Monate später wieder abberufen: "Er war in einen skandalösen Konflikt mit seinem Generalsekretär verwickelt." Er geht nach Spanien und wird Konsul in Santander. Während der Herrschaft der Hundert Tage wird er abserviert. Die Restauration erlebt er als armer Mann. Man hat ihn als "politisches Chamäleon" eingestuft - eine gnadenlos treffende Einschätzung. Aber sie gilt nicht allein für den armen Harmand. Viele seiner Zeitgenossen müssen sich Ähnliches vorwerfen lassen. Von der Revolution über das Kaiserreich bis hin zur Restauration muten so manche politische Verrenkungen schon fast wie akrobatische Meisterstücke an.
Die Präfektur richtet sich in den Räumen der ehemaligen Abtei von Pairis ein, dem heutigen Rathaus. In demselben Jahr - 1800 - bekommt Colmar ein Berufungsgericht, das 1810 in einen kaiserlichen Gerichtshof verwandelt wird. Im April bekommen alle französischen Gemeinden wieder einen Bürgermeister, nachdem dieses Amt durch Napoleons Staatsstreich rehabilitiert worden ist. François-Antoine Richter wird Colmars neuer Bürgermeister. An der Spitze der Präfektur steht Félix Desportes, ein fähiger Mann, der von 1802 bis 1813 im Amt bleibt, bis er wegen Veruntreuung abgesetzt wird. Unter seiner Führung und mit Unterstützung des Bürgermeisters wandelt sich das Stadtbild von Colmar und dehnt sich weit über die alten Mauern aus. Die alten Stadttore werden abgerissen, was dem Präfekten den Spitznamen "Destructeur des portes" ("Torezerstörer") einbringt. Das Marsfeld, einst ein Exerzierplatz, wird in einen Vergnügungspark umgewandelt. Der unglückliche Harmand soll die originelle Idee gehabt haben, die Baumreihen und Blumenbeete in Form eines Kreuzes der Ehrenlegion zu arrangieren.