Elle n´eut de militaire que le nom et ne s´adressait qu´à des enfants protestants, nobles le plus souvent, qui, un jour peut-être, se destineraient à la carrière des armes. Un petit lycée, en somme, qui rarement excéda les quarante inscrits. Cet établissement avait tout pour rester discret et tomber dans l´oubli. Paradoxalement, il fut connu dans toute l´Europe et contribua au rayonnement de Colmar.

Quand Pfeffel se lance dans l´aventure de l´école militaire, il est encore sous le choc de la disparition de son fils Christian. Ce dernier lui serait apparu en songe et aurait ainsi fondé sa vocation. En réalité, bien avant le décès de Christel, Pfeffel avait choisi sa voie. Ses Dramatische Kinderspiele, publiées en 1769, en témoignent. A l´indéniable vocation s´ajoute une raison bien prosaïque : il faut vivre et la poésie ne nourrit pas son homme.

Pour créer son école, Pfeffel s´inspire des principes pédagogiques de l´Allemand Basedow, lequel est influencé par Rousseau, et du baron Salis Marschlin qui dirige un établissement d´éducation dans les Grisons selon la pédagogie de Basedow.

« L´école reçoit tous les enfants de familles, sans égard à leur destination ni à leur patrie » peut-on lire dans le prospectus qui assure la promotion de l´établissement. « Un cœur bien né, un esprit susceptible d´un certain degré de culture et une bonne constitution sont les seules qualités qu´on exige du récipiendaire. » En 1781, Pfeffel définira ainsi son école : « Notre établissement n´est pas une école d´élite pour des soldats ou des commerçants, mais une pépinière pour tous ceux qui veulent émerger du vulgaire. »

On y accède entre dix et quatorze ans. Les études durent trois ans. Elles permettent de toucher à tout : aux langues, à l´histoire, aux mathématiques, à la musique mais aussi à l´escrime, à l´équitation et au blason. C´est que ces jeunes gens sont destinés à vivre dans le monde. On prend un soin particulier de leurs manières et de leur maintien. Sous la conduite de leurs maîtres, ils fréquentent les bals et font la cour aux autorités. L´uniforme, l´organisation en compagnies et la discipline sont militaires : il faut bien justifier l´épithète. Mais le cœur reste le principal objet de cette éducation où la rectitude morale est placée avant le travail et l´intelligence. Ce n´est pas l´élite qu´il veut former mais l´honnête homme : « Au lieu de vouloir élever dans mon royaume des citoyens savants, j´aurais dû, avant toute chose, en faire d´honnêtes citoyens » s´exclame, désabusé, le monarque de la fable Die Aufklärung.

L´Académie militaire connut un grand succès et attira 288 élèves en vingt ans. Une majorité de Suisses, des Allemands, des Français, des Russes, des Ecossais, des Suédois, et même un Américain. L´Europe se déplace à Colmar pour voir cette singularité : une école faussement militaire et rousseauiste dirigée par un poète aveugle. En vingt ans, 2 198 personnes font le déplacement à Colmar et laissent leurs nom et dédicace dans le Fremdenbuch du poète. Parmi eux 41 princes, 36 professeurs d´université, 28 avocats et juristes, 343 femmes. La liste est impressionnante. Jamais dans son histoire Colmar ne connaîtra une telle notoriété.