Le chef-lieu du département était devenu dès 1791 le siège de l´évêché constitutionnel du Haut-Rhin. Colmar avait son évêque et Saint-Martin pouvait accéder au rang de cathédrale. Moins de dix ans plus tard, Colmar accueillait son premier préfet, renforçant ainsi son statut de capitale administrative. Le département du Haut-Rhin, qui comme on le sait englobait aussi Belfort et son territoire, s´était encore élargi. En 1800, le département du Mont Terrible y est rattaché. L´ancienne principauté de Porrentruy, l´Erguel, la prévôté de Moutier Granval et Bellelay, une partie de l´ancienne principauté de Montbéliard, allaient s´agréger à l´Alsace jusqu´en 1815.

L´histoire a retenu que le premier préfet du Haut-Rhin s´appelait Jean-Baptiste Harmand. Il était originaire de la Meuse et ne laisse guère un souvenir impérissable dans la capitale haut-rhinoise. Il est vrai qu´il n´y fit qu´une apparition fugitive. Nommé le 2 mars 1800, il fut rappelé au bout de huit mois : « Il avait été engagé dans un conflit scandaleux avec son secrétaire général ». On le retrouva à Santander, en Espagne, comme consul. Econduit pendant la période des cent jours, il fut réduit à la misère sous la Restauration. On l´avait qualifié de « caméléon politique ». L´appréciation sonnait terriblement juste. Elle ne concernait pas seulement le pauvre Harmand et pouvait s´appliquer à beaucoup de ses contemporains. De la Révolution à la Restauration en passant par l´Empire, les contorsions politiques avaient été spectaculaires.

La préfecture s´installa dans les locaux de l´ancienne abbaye de Pairis, la mairie actuelle, en 1800. La même année, Colmar redevint la capitale judiciaire de l´Alsace. Le tribunal d´appel y fut installé. Il fut transformé en Cour d´appel en 1804 avant de devenir Cour impériale en 1810. Au mois d´avril, l´ensemble des communes françaises retrouvèrent à leur tête un maire, un vrai, après que le coup d´Etat de Bonaparte en eut rétabli le titre. François Antoine Richter devint ainsi le nouveau maire de Colmar. Sous son administration et surtout sous celle de son patron le préfet Félix Desportes, qui resta à la tête de la préfecture pendant onze ans, de 1802 à 1813, avant d´être destitué pour malversation, la ville change de physionomie et déborde de son enceinte. Les anciennes portes de la ville sont démolies ce qui vaut au préfet le sobriquet de « destructeur des portes ». Le terrain d´exercice du champ de Mars est transformé en parc d´agrément. On prête à l´infortuné Harmand l´idée originelle d´un agencement dont les allées et les massifs dessineraient une croix de la Légion d´honneur.