Houssen est mentionné pour la première fois, dans les Archives de Colmar, sous le nom de "Manus Husen" dans un inventaire des biens de l'Abbaye de Pairis daté de 1176. A l'origine Houssen était un fief impérial du Château de Pflixbourg. En 1315, l'Empereur Frédéric de Habsbourg donna le village en gage à Henri de Ribeaupierre. En 1348, l'Empereur Charles IV l'attribua aux Seigneurs de Landskron avec l'accord de Henri de Ribeaupierre, mais en 1350, il revient comme gage aux Seigneurs de Ribeaupierre qui le gardèrent jusqu'à la Révolution Française. Ceux-ci l'avaient successivement donné en fief aux familles Vom Huse, d'Andlau et Vom Rust. Les revenues de Houssen semblent avoir été assez importants puisque deux grandes abbayes y comptaient des biens, celles de Pairis et de Marbach. L'Eglise dépendait de l'Evêché de Bâle. Houssen a beaucoup souffert des deux guerres mondiales, surtout de la seconde. Situé au point névralgique de la "Poche de Colmar" le village a été détruit à plus de 60%. Houssen a été libéré le 25 Janvier 1945 par les Soldats Américains du 7ème R.I.U.S.

Les armoiries évoquent L'Histoire de Houssen. En effet, la croix blanche tréflée figure sur l'étendard rouge de St Maurice, Patron de l'Eglise de Houssen depuis le Moyen-Age. Les trois écussons rouges sont les signes distinctifs de la famille de Ribeaupierre à laquelle Houssen a été lié.

Le nom vient de l'allemand « das Haus » , à savoir « maison, demeure ». En moyen haut-allemand, le pluriel en est « Husen » tandis que, en allemand contemporain, cela donne plutôt « Hausen ». On retrouve les différentes formes en Alsace, en plus des formes ayant résulté des différents processus de francisation : « House » ou « Hause ».
Généralement, on trouve ce terme en suffixe d'un autre nom ou adjectif. Le village de Houssen, dont le nom signifie donc « maisons », est donc une petite exception.