Les origines du village sont mal connues. Muntzenheim était  au Moyen-âge  orthographié Monesensisheim : un nom qui pourrait provenir d'un vestige romain (la maison de Munzini) ou de Munzo, un franc fondateur du village. Il est cité pour la première fois à l’époque mérovingienne en 675. Au  X^e siècle, il passe aux mains des comtes de Horbourg. En 1324, Muntzenheim est vendu avec l’ensemble des biens des Horbourg aux comtes de Wurtemberg. Du XIV^e au XVI^e siècle, les familles des Ribeaupierre et des Wurtemberg  se partagent la jouissance de Muntzenheim. Les Wurtemberg y  introduisent la Réforme luthérienne entre 1544 et 1548, selon la coutume qui voulait que la religion du prince soit également celle de son royaume et de ses sujets. Dans les années 1680, la paroisse subit la loi du Simultaneum, mais elle demeure majoritairement protestante. La cure catholique ne résiste pas à la Révolution.

Lors des combats de la poche de Colmar, la commune est  libérée le 31 janvier 1945 par la 5^e division blindée française.