Le village est connu sous le nom de Morswilre dès 1148, nom apparu dans une bulle du pape. Plus tard, au XVIe siècle, la commune est renommée Niedermorschwihr afin de pouvoir le distinguer d'Obermorschwihr qui se trouve près d'Eguisheim. Elle appartenait pour moitié à l'Empire et pour moitié aux Habsbourg.

Aucun vestige visible ne subsistant, la thèse affirmant que le cimetière aurait été fortifié est contestable. Connu pour son clocher vrillé , Niedermorschwihr comporte plusieurs maisons de vigneron avec des magnifiques oriels et a gardé un cachet authentique.

À cheval sur les bans d'Ammerschwihr, de Niedermorschwihr et de Turckheim se trouve la station climatique des Trois-Épis, abritant entre autres un centre d'altitude et de cure de repos. Cette station redynamisée ces dernières années comporte des jardins classés et un point de vue accessible aux personnes à mobilité réduite.

Les Trois-Épis sont nés d'un pèlerinage dédié à la Vierge et fondé en 1491 : en effet, la Vierge y serait apparue à un forgeron d'Orbey, tenant d'une main trois épis de blé, de l'autre un grêlon (augure d'une bonne ou d'une mauvaise récolte selon que les gens se convertiraient ou non)2. Le pèlerinage reprit rapidement, après avoir été interrompu par la guerre de Trente Ans. Un prieuré fondé en 1651 fut supprimé à la Révolution. Le pèlerinage cependant existe toujours.

La commune a été décorée, le 11 novembre 1948, de la Croix de guerre 1939-1945.
Le village est jumelé avec Sérignac-sur-Garonne (France) qui, elle aussi, a la particularité d'avoir une église avec un clocher tors.